本校內部控制制度開創自1990年代，一開始即導入目標管理作法，以系統化方式建立標準作業流程，並逐年更新。 自2010年9月起，本校依教育部公布之內部控制制度作業手冊規範，制訂第1版財團法人銘傳大學與學校內部控制制度，經請教育部核備。2012年6月設立稽核室，置專任職員，負責導入學校內部控制與內部稽核制度。稽核室舉辦多次校內教育訓練，並於各行政單位置1-2名的檢核員，負責所屬單位內部控制制度的建置與稽核業務自我檢核。
本校已建置完整內部控制制度，例次修訂範疇與概略如下：
| 版本 | 修訂範疇與概略 | 通過會議及日期 |
| 第一版 | 學校法人與學校內部控制制度作業手冊，由學校法人及學校分別訂定 | 99年11月24日董事會通過 |
| 第二版 | 102年5-6月實施第一次內部稽核後增(修) | 102年6月10日董事會通過， 並於102年7月25日送教育部核備 |
| 第三版 | 增訂桃園行政處、國際學生顧問室、體育室、法務室等多個行政單位內控制度 | 103年11月19日董事會通過 |
| 第四版 | 增訂學術單位內控制度作業 | 105年6月22日董事會通過 |
| 第五版 | 增訂內部控制制度十大循環 | 109年6月17日董事會通過 |
內部控制為大學自我管理的重要環節，本校運用內部控制制度，定期自我檢視並做好風險預防，降低行政錯誤、失敗機率及防止舞弊發生，提高行政及資源有效運用，強化學校內部作業流程；進而使校務運作與所訂目標相符，保護資產安全，提高會計資訊可靠性及完整性，合理保證學校預期目標的達成。內控制度之精神與實踐已在銘傳大學落實，全體同仁也都體會到內控制度的意義與價值。本校今後仍將依據內控制度對於個人與組織的業務定期稽核，不斷加強同仁風險管理與內稽內控的意識與作為。
本校內控內稽制度建置過程分為三個時期，分別為開創、發展與成熟時期，目前各項制度與執行已上軌道。本校內部的控制(制度面)與稽核(監督面)兩者相輔相成，同仁必須依據內部控制制度辦事，並藉由內部稽核作業，提高自我檢查功能，降低作業錯誤機率，同時導入稽核機制，增加橫向溝通，突破作業盲點，使業務執行達到事半功倍，提高行政效率，有效提升校務治理的功能。
一、確定稽核之目的及範圍，區分為定期性稽核或專案性稽核。
二、稽核工作準備與規劃：
- 撰寫稽核程式，並經稽核單位主管同意。
- 稽核單位應與受稽核單位主管事前溝通，確定稽核時間及相關協調工作。
三、稽核通知：稽核單位應於稽核前7日，通知受稽核單位。
四、實地稽核：
- 稽核室與稽核委員執行稽核時，將稽核過程記錄於工作底稿，作為編製報告之根據。
- 受稽核人員需確實提供相關之資料或回答所詢問之各項問題。
- 執行稽核時，若有不符合事項時，即知會該單位主管，以澄清其不符合事項是否存在。
- 稽核作業所發現之缺失或建議，稽核人員應記錄在「內部稽核建議改善紀錄表」。
五、稽核結論：於實地訪視綜合座談會議時，由稽核委員向受稽核單位主管與承辦人確定「內部稽核建議改善紀錄表」之內容是否無誤。並於稽核後三日內送各受稽核單位確認。
六、「稽核報告」應經稽核單位主管覆核與稽核委員簽名，陳送校長核閱；並將副本交付監察人查閱。
七、稽核追蹤：
- 稽核人員依受稽核單位所提出之預定完成改善期限進行追蹤查核。
- 稽核人員依據稽核追蹤工作底稿撰寫「追蹤報告」。
- 受稽核單位之改善事項未於改善期限完成或未執行改善者，稽核人員應於「追蹤報告」中明確記載。
- 「追蹤報告」應陳送校長核閱；並將副本交付監察人查閱。
- 改善事項未於改善期限完成或未執行改善追蹤事項者，應列入下次稽核重點。
本校於2005年12月成立銘傳大學經費稽核委員會，發揮稽核監督機制，有效提升校務經費使用成效，健全財產管理查核制度。2007年財務處設立審核組，針對本校財物進行審核並執行採購驗收工作，並參考國內外稽核制度設計規劃，強調組織內部防弊功能，透過內部機制發現財務弊端，進而降低組織財務的損失，實施以來對於稽核防弊功能確實有所提升。
本校內部稽核發展期，起於2012年10月校長聘請11位校內專任專業教師組成稽核委員會，與稽核室共同執行實地稽核。同年5月共實地訪視19個行政單位，完成內部稽核報告，正本送校長審閱，副本送監察人備查。同年8月執行財團法人內部稽核，完成稽核報告與專案稽核報告。本校實施稽核普檢後，同步採用風險意識，以重點方式稽核高風險單位與業務，配合內控制度建置完整辦法，使本校逐步進入稽核機制成熟時期。
本校遵循教育部推動實施大學內部控制與內部稽核，實施自我監督。 以下為近3年稽核計畫及報告：
稽核報告：109-111年度。